Die Dauerausstellung beleuchtet die wichtigsten Entwicklungen der Menschheitsgeschichte im Zeitraum von 100‘000 v. Chr. bis zur Ausbreitung des Christentums um 800 n. Chr. Sie ist in die drei Kapitel «Terra», «Homo» und «Natura» unterteilt. Den Anfang der Ausstellung unter dem Titel «Terra» bildet ein emotionaler Einstieg in die Welt der Archäologie. Ein topographisches Modell führt den Besuchern das reiche kulturhistorische Erbe der Schweiz vor Augen. Herzstück der Dauerausstellung ist der Bereich «Homo». Darin werden die wichtigsten Etappen der Zivilisierung des Menschen chronologisch dargestellt. Der letzte Teil, «Natura», thematisiert die gegenseitige Beeinflussung von Mensch und Umwelt. Hier wird etwa gezeigt, wie sich der Wolf zum gezähmten Haustier entwickelt oder wann und unter welchen Umständen die Menschen mit der Kultivierung wilder Pflanzen begonnen haben. Dieser Teil ist mit vielen interaktiven Elementen ausgestattet, die den Besucher in die Rolle der Archäologen schlüpfen lassen. Die meisten der 1400 ausgestellten Objekte stammen aus den Beständen des Schweizerischen Nationalmuseums. Sie werden mit hochwertigen Leihgaben aus der ganzen Schweiz ergänzt. Aktuelle Entdeckungen sind ebenso vertreten wie bekannte Klassiker der Schweizer Archäologie.

Schroffe Berge, Hügel und Täler, Pässe und Gletschereis, Seen und Flüsse prägen die Landschaft der Schweiz. Die fruchtbaren Talböden in Ufernähe werden schon früh besiedelt, aber auch alpine Orte in verkehrsgünstiger Lage. So ruhen tief in der Erde, auf dem Seegrund oder im Gletschereis materielle Hinterlassenschaften aus vergangenen Epochen. 

Feuersteinmesser, Steinbeile, Korbgeflecht, Keramikgefässe, Bronzeanhänger: Was Menschen einst verloren, den Toten mitgegeben oder vergraben haben, erzählt uns heute vom Leben in früheren Jahrtausenden. Form und Material ändern sich nach und nach über die Jahrhunderte. Epochenbilder führen die Zivilisierung des Menschen auf dem Gebiet der heutigen Schweiz vor Augen.

Wie lange schon wird Getreide angebaut? Seit wann werden Kühe gemolken? Woher kommen unsere Äpfel? Modernste Forschungsmethoden helfen, solche Fragen zu beantworten und die Wechselwirkung zwischen Mensch und Umwelt nachzuzeichnen. Mit dem sesshaften Leben und der Domestikation von Pflanzen und Tieren wird die Natur allmählich zur uns vertrauten Kulturlandschaft.